Il y a 40 ans, la ville de Paradigm City connut un triste destin : la plupart de ses habitants perdirent la mémoire sans raison apparente.
Cependant, quelques personnes se rappellent, par bride de souvenirs, de ce passé mystérieux, et tentent ainsi de recréer un nouveau monde, une nouvelle technologie.
Roger Smith, le protagoniste de l’histoire, vit dans ce monde étrange. Cet ancien lieutenant de police est devenu un Négociateur. Dans cette confrérie assez spéciale où les membres vivent dans la résolution du conflit, Roger Smith est un homme très professionnel. Aidé de Dorothy, une androïde mystérieuse, de Norman Burg, son majordome, mais aussi -et surtout- de son robot géant, The Big O, Roger Smith effectue des missions variées et y découvre des ennemis plus ou moins originaux. Il a pour espoir de percer les mystères qui entourent Paradigm City et ses drôles d’événements.