Dans Genshiken, on suit le quotidien du club de fac dédié à l’étude de la culture visuelle moderne, autrement dit, des différents domaines de la sous-culture otaku : anime, manga, figurine, jeux vidéo, cosplay, doujinshi… Sous-culture à laquelle sont bien évidemment accrocs les membres du club.
Genshiken Nidaime, littéralement « deuxième génération », est en fait la reprise du manga après une coupure de 4 ans entre juin 2006 et la fin 2010. À noter que la première partie du manga n’avait pas été complètement adaptée par les deux premiers animes diffusés en 2004 et 2007.
Dans cette suite de Genshiken, Ogiue est maintenant la présidente du club et de nouveaux membres rejoindront le club, comme le cross-dresser Hato Kenjirō.